Fairy Tail - O primeiro arco, que começa com o primeiro capítulo, se prolonga
até uma missão de resgate do membro da guilda, Macao, e se encerra com uma missão de destruir um livro. Neste arco temos revelada apenas o passado de Natsu, mas são introduzidos alguns dos personagens secundários, como Elfman, Loke, Cana e Mirajane.
Einsenwald - Começa com a volta de Erza a guilda, depois de concluir com sucesso uma missão envolvendo a eliminação de um demônio. Ela recruta Gray e Natsu (e portanto, Happy também) para uma missão de dificuldade extrema. Lucy vai junto a pedido de Mirajane. Os cinco tentam impedir os planos diabólicos de um terrível mago conhecido por Shinigami Erigor. O arco se encerra com o sucesso da missão, e a luta de Natsu e Erza encontra-se próxima.
Ilha Galuna - O início é a luta de Natsu e Erza, que é interrompida quase que no mesmo instante em que começa, porque fiscais do Conselho aparecem com uma ordem de prisão de Erza. Natsu tenta tirá-la da prisão sem sucesso, mas ela acaba por ser liberada. Então os personagens Laxus, neto do mestre da guilda Fairy Tail, Makarov, e Mystogan, o mais misterioso e candidato a melhor membro, finalmente aparecem, despertando em Natsu a ambição de realizar missões maiores. Ele, Happy e Lucy fogem da guilda com uma missão de dificuldade máxima, sem a devida autorização. Gray é mandado para impedí-los, mas acaba querendo realizar a missão também. Então cabe a Erza impedí-los. A missão trata-se de destruir a lua, pois ela amaldiçoava as pessoas que viviam na Ilha Galuna. O grupo tenta achar outras maneiras de libertar o cidadãos da maldição, e acabam se encontrando com Lyon, o ex-colega de Gray, que estava tentando ressuscitar o temido demônio Deliora. O passado de Gray é revelado com detalhes nesse arco. O arco se encerra com a auxiliar de Siegrain, Ultear, que se disfarça como um homem perverso do conselho, pegando informações sobre membros da Fairy Tail.
Phantom Lord - Começa com o fim da missão na Ilha Galuna, porque quando o grupo retorna à guilda, depara-se com ela totalmente destruída. Uma guilda rival, a guilda Phantom Lord, havia feito isso. Então a Fairy Tail prepara um plano de vingança, e tenta recuperar sua honra. Nesse arco, conhecemos o passado de Elfman e o passado de Lucy, e são introduzidos os personagens Gajeel (Dragon Slayer do Ferro, não demora a virar mais um rival de Natsu) e Juvia, membra do grupo "Element 4". O arco se encerra com a derrota da guilda Phantom Lord, e com a revolta de Lucy para com o
seu pai.
Etherion ( Torre do Paraíso) - Se inicia com pequenas aventuras e desandamentos sem muita importância, mas depois descobrimos o passado de Loke, que na verdade era o Espírito Celestial de Leão, que por ter cometido um crime, não podia voltar ao mundo dos Espíritos Celestiais, e estava morrendo, já que Espíritos Celestiais não podem viver no mundo humano por muito tempo. Após ser salvo por Lucy, ele
oferece aos cinco heróis hospedagem grátis em um hotel, para que se divertissem com cassinos e jogatina. Não demora a se envolveram em um grande problema, pois os ex-companheiros de Erza estão por lá, querendo trazer de volta o terrível Zeref usando uma magia chamada Sistema R. Na verdade tudo é culpa do terrível vilão Jellal, que iludiu os ex-companheiros de Erza. O problema é que Jellal também era secretamente o maldoso Siegrain, e assim, Siegrain convence o Conselho a usar uma magia muito poderosa chamada Ethérion (que ajudaria em seus planos para reviver Zeref) além de ser revelado o passado de Erza e de Jellal em si. O arco se encerra com o perdão e o adeus dos ex-companheiros de Erza.
Laxus - Esse arco começa com a entrada de Gajeel e Juvia para Fairy Tail, o que desperta raiva entre os membros, principalmente Laxus, que arma um plano durante um festival chamado 'Fantasia'. Trata-se de um jogo para fazer os membros da guilda lutarem entre si. O que restasse enfrentaria Laxus, e o vencedor seria o novo mestre da guilda (de acordo com as regras do jogo). Conhecemos o passado de Mirajane e de Laxus em si, além de terem ocorrido grandes lutas: Laxus VS Mystogan e Laxus VS Natsu e Gajeel. É revelado que Mystogan tem o mesmo rosto de Jellal, mas Mystogan diz que não é ele. O arco acaba com o banimento de Laxus da guilda.
Oración Seis - Inicia-se com o relacionamento de Lucy e seu pai se tornando mais harmonioso, mas o que o arco foca é o confronto das quatro melhores guildas do Reino de Fiore (Fairy Tail, Blue Pegasus, Lamia Scale e Cait Shelter) contra uma das organizações mestre das Guildas Criminosas, conhecidas como Oración Seis, que como o nome sugere só tem 6 membros, embora esses sejam muito poderosos. São eles Midnight, Cobra, Hoteye, Angel, Racer e Brain; que tinham como objetivo acordar uma magia ancestral poderosíssima, chamada Nirvana (que havia sido selada há muito tempo atrás pelos fundadores dessa magia). É, também, é descoberta uma nova Dragon Slayer, Wendy, a Dragon Slayer do Céu, que além da magia normal de Dragon Slayer, possui uma habilidade única de cura. O vilão Jellal retorna, porém desta vez é um aliado da aliança das guildas, pois se encontra sem memória, lembrando apenas do nome de Erza e da dor relacionada a ele. O arco termina com a derrota da Oración Seis e a prisão de Jellal, que mesmo estando sem memória e se tornando amigo de todos, quer pagar pelos crimes que cometeu. Além disso, temos a entrada de Wendy e sua "gata" Charle para a Fairy Tail, após descobrirem que a guilda Cait Shelter era apenas uma ilusão criada pelo mestre por causa de Wendy.
Edolas - Gildarts, o mago mais poderoso da guilda, retorna, e convida Natsu para ir à sua casa. Lá ele revela sobre o poderosíssimo Dragão Negro, que arrancou seu braço, sua perna esquerda e mais um órgão. Natsu então se vê determinado a encontrar o Dragão Negro, para conseguir informações sobre Igneel. Depois, Mystogan surge para conversar com Wendy, e avisa que a cidade de Magnolia seria devorada por uma magia chamada Anima. Quando isso acontece, apenas Wendy e Natsu ficaram para trás (Charle e Happy também). Assim, eles resolvem entrar em Edolas, um mundo pararelo a Terra (já que o portal de "Anima" ainda estava aberto). Guiados por Charle (que juntamente com Happy nasceu no mundo de Edolas) e acompanhados por Lucy (que foi salva do "Anima" pelo Horologium) eles, vão enfrentar os capitães das divisões de guerra (SugarBoy, Hughes, Erza KnightWalker e Pantherlily) para chegar até o rei de Edolas (Fausto) e descobrir como trazer a guilda e seus membros de volta. Posteriormente, Gajeel se junta a eles, e Erza e Gray também, após serem libertados por Gajeel. Nesse arco também são apresentados os pais de Happy, que, ao contrário dos outros de sua espécie, não vêem os humanos como seres inferiores, e que, apesar de saberem que Happy é seu filho, não contam isso a ele. É revelado que Mystogan é, na verdade, o Jellal de Edolas, e filho do rei Fausto. É revelado também, que Lisanna ainda estava viva. No final da saga, Natsu e seus amigos voltam ao mundo real, juntamente com todos os Exceed, e com Mystogan mandando toda a magia de Edolas para a Terra, deixando Edolas sem magia. O arco se encerra com Mystogan ficando em Edolas para se tornar o novo rei. Além disso temos a volta de Lisanna a Terra e a Fairy Tail, e a entrada de Phanterlily para a Fairy Tail.
Ilha Tenrō - Os membros da guilda estão se esforçando em várias missões para terem a chance de participar do Exame para a Classe S. Os magos nomeados são Natsu, Gray, Juvia, Levy, Cana, Elfman, Fried, e Mest. Cada mago têm que escolher uma dupla, que foram: Natsu escolheu Happy; Gray escolheu Loke (que volta a Fairy Tail, pois tinha prometido a Gray que faria dupla com ele na próxima prova); Juvia escolhe Lisanna; Levy escolhe Gajeel; Cana escolhe Lucy; Elfman escolhe Evergreen; Fried escolhe Bixlow, e Mest escolhe Wendy. Enquanto isso, um mago com o poder de apagar vidas procura Natsu, apesar de que Natsu parece não conhecê-lo. E além disso Charle, a Exceed de Wendy, tem uma visão de que algo muito ruim vai acontecer durante a prova. É revelada também a primeira aparição de Zeref, permanecendo adormecido no corpo de um garoto que não possui más intenções, mas não consegue controlar o poder de Zeref dentro de sí, que consiste em apagar a vida. A Guilda das Trevas Grimoire Heart, membra da aliança Baram, em que fazia parte a Oración Seis, invade a Ilha Tenrō com o intuito de libertar Zeref. Os primeiros magos a invadirem a ilha são Kawazu e Yomazu, que são eventualmente derrotados por Gajeel. Também entram na batalha os
Sete Parentes Do Purgatório, os magos mais poderosos da guilda das trevas. Sendo um deles a Ultear, o que torna a batalha ainda mais difícil para o lado da Fairy Tail. Mostra que Mest nunca foi membro da Fairy Tail e que era um membro do conselho que usou sua magia para todos o verem como membro da guilda. É revelado que o mestre da Grimoire Heart, Hades, foi o segundo mestre da Fairy Tail, sendo ele que nomeou Makarov como terceiro mestre. Laxus reaparece e ajuda na batalha. Gray vence Ultear e é revelado que além da magia do Arco do tempo ela também podia usar o Ice Make igual a sua mãe, Ul. É, também, revelado o dragão negro que atacou Gildarts, Acnologia, que é o dragão do apocalipse tanto que ate mesmo Zeref, o mago negro, o teme. A saga termina com um ataque do Acnologia à Ilha Tenrō, dezimando-a do mapa e causando o desaparecimento dos magos da Fairy Tail presentes na ilha (Natsu, Happy, Lucy, Erza, Gray, Juvia, Gajeel, Phanterlily, Wendy, Charle, Mirajane, Elfman, Lisanna, Laxus, Fried, Evergreen, Bixlow, Levy, Cana, Gildarts e Makarov).
Novo Começo, x791 - O mais novo arco de Fairy Tail. Esse arco se passa 7 anos depois do desaparecimento dos membros mais fortes da Fairy Tail na Ilha Tenrō. O início do arco nos mostra uma guilda decaída, com poucos membros e quase sem trabalhos para fazer. Macao é o novo mestre e Wakaba, seu assistente. Além disso, a guilda sofre com os abusos da Twilight's Ogre, a nova guilda nº 1 de Magnolia. Depois de uma pesquisa, a guilda Blue Pegasus descobriu que a Ilha Tenrou ainda existia. Alguns membros navegaram até o local onde ficava a ilha Tenrou, uma figura estranha os surpreendeu e revelou a ilha inteira e aparentemente sem nenhum dano causado por Acnologia. Ao chegarem na ilha, eles encontraram os membros desaparecidos. A figura estranha se revela a primeira mestra da Fairy Tail, Mavis Vermilion, e assim os membros desaparecidos voltam para a guilda. Depois de 7 Anos, a Fairy Tail esta na última posição no ranking das Guildas, e atualmente a número 1 é a SaberTooth, que possui dois dragons slayers: o Dragão Branco Sting, e Rogue, o Dragão das Sombras. Estes revelam que são Dragon Slayers de nova classe, considerados os "Verdadeiros", já que foram criados por dragões (assim como Natsu, Gajeel e Wendy) e possuem lacrimas injetadas dentro deles (como Laxus e Cobra), conseguidas ao ter destruido os dragões que os criaram, se tornando Híbridos. Gildarts é indicado para ser o novo mestre da Fairy Tail, mas este recusa e vai embora deixando uma carta dizendo que iria voltar. A Fairy Tail decide então participar do Torneio Mágico, que decide qual guilda é a mais forte, em tres meses. Virgo, porém, os chamou para uma festa no Mundo dos Espiritos Estelares, mas um dia lá é igual a 3 meses na Terra. Quando voltaram, descobriram que o torneio seria em cinco dias e que não haviam treinado. Desesperados, encontram na floresta a guilda idependente Crime Sorcière, formada por Jellal, Meredy e Ultear. Esta os ajuda, aumentando seu poder mágico com seu Arco do Tempo melhorado, e em troca, pedem que investiguem o poder mágico sombrio do torneio. A equipe da Fairy Tail era formada por Natsu, Gray, Erza, Lucy e Wendy. Wendy, porém, foi atacada pela Raven Tail, sendo subtituída por Elfman. Apesar da desvantagem com relação às outras guildas, a Fairy Tail mandou uma equipe B, pois de acordo com as novas regras (que não foram divulgadas previamente), uma guilda podia ter duas equipes. A equipe B foi formada por Mirajane, Gajeel, Laxus, Juvia e Mystgun, que na verdade era Jellal disfarçado.
